Внутри Nautilus скрывается высокоточный механизм, разработанный Patek Philippe. Часы оснащены автоматическим калибром, который обеспечивает точность хода. Механизм также обладает запасом хода до 60 часов, что делает его практичным для повседневного использования. Каждый механизм проходит тщательную проверку на заводе.